秋季没有绝对不能吃的蔬菜水果，但部分蔬菜水果可能因个人体质、过敏史或特殊疾病需要谨慎选择。秋季应季蔬菜水果如柿子、鲜枣、柑橘等富含营养，但过量食用可能引发胃肠不适或过敏反应。
柿子含有较多鞣酸，空腹大量食用可能与胃酸结合形成胃结石，建议餐后少量食用并避免与高蛋白食物同食。鲜枣膳食纤维含量高，胃肠功能较弱者过量食用可能诱发腹胀腹泻。柑橘类水果有机酸含量较高，胃酸过多或胃溃疡患者需控制摄入量。部分人群对芒果、菠萝等秋季水果存在过敏风险，首次食用应少量尝试。白果含有微量氢氰酸，儿童或消化功能差者须彻底煮熟且每日不超过10粒。
选择秋季蔬菜水果时应注意新鲜度，霉变的红薯、发芽的土豆等含有天然毒素应丢弃。慢性肾病患者需限制高钾蔬菜水果如香蕉、菠菜的摄入。糖尿病患者应选择低升糖指数水果如苹果、梨，并控制每日200克以内。痛风患者需减少香菇、紫菜等高嘌呤蔬菜的摄入。孕妇食用山楂、桂圆等活血类水果应咨询医生建议。
秋季饮食建议多样化搭配，每日摄入3-5种不同颜色的蔬菜水果。脾胃虚寒者可将梨、荸荠等寒性水果蒸煮后食用。食用新上市果蔬前应充分清洗，部分外皮较厚的水果可去皮食用。特殊人群制定饮食计划前，建议咨询营养科医师或中医师进行体质辨证。若食用某种果蔬后出现皮疹、呕吐等不适，应立即停止并记录过敏原。