包皮手术后可能出现轻微后遗症，但多数属于暂时性且可恢复。包皮环切术的常见后遗症主要有切口感染、局部水肿、瘢痕增生、尿道口狭窄、性敏感度改变等。术后严格遵医嘱护理可降低风险。
切口感染多因术后清洁不当或免疫力低下引起，表现为红肿、渗液或发热。需每日用碘伏消毒并保持干燥，严重时需口服头孢克肟分散片或阿莫西林克拉维酸钾片抗感染。局部水肿通常与淋巴回流受阻有关，术后1-2周内会逐渐消退，可通过抬高阴茎体位减轻肿胀。瘢痕增生多见于瘢痕体质者，早期使用硅酮凝胶或复方肝素钠尿囊素凝胶可抑制增生。尿道口狭窄发生率较低，多因术中损伤或反复感染导致，需通过尿道扩张术改善。性敏感度改变多为心理因素或短期神经末梢适应所致，多数3-6个月后可恢复正常感觉。
术后应穿宽松棉质内裤避免摩擦，1个月内禁止性生活及剧烈运动。每日用生理盐水清洗切口，排尿后及时擦干防止尿液刺激。若出现持续疼痛、出血或发热超过38.5度，须立即返院检查。饮食需避免辛辣刺激食物，适当补充维生素C促进愈合。术后1周、1个月需定期复查评估恢复情况。