大便有霉菌是否严重需结合具体症状判断，若仅短暂出现且无其他不适，通常不严重；若伴随腹泻、发热或免疫力低下，则可能提示严重感染。
健康人群偶尔在粪便中检出霉菌可能与饮食污染或短暂菌群失调有关。食用霉变食物后，部分霉菌孢子可能未被胃酸杀灭而随粪便排出，表现为一过性检测阳性。长期使用抗生素可能导致肠道菌群紊乱，使条件致病性霉菌如白色念珠菌过度繁殖，但多数情况下调整饮食或停用抗生素后可自行恢复。这类情况通常无须特殊治疗，建议增加酸奶等含益生菌食物，避免进食霉变或过期食品。
当粪便持续存在霉菌且伴随腹痛、黏液便、体重下降时，需警惕侵袭性真菌感染。艾滋病患者、器官移植后服用免疫抑制剂者、长期使用糖皮质激素人群易发生肠道念珠菌病或曲霉菌病，可能出现肠黏膜溃疡甚至播散性感染。糖尿病患者若血糖控制不佳，肠道环境更利于霉菌定植。此类情况需通过粪便培养、肠镜活检明确病原体，常用氟康唑胶囊、伊曲康唑胶囊等抗真菌药物，严重者需静脉注射两性霉素B脂质体。
日常需观察排便频率与性状变化，避免自行使用抗真菌药物。免疫力低下人群出现持续腹泻或发热时，应及时进行粪便微生物检查与血常规检测。保持厨房用具干燥清洁，谷物坚果类食品密封冷藏，可减少霉菌摄入风险。糖尿病患者应严格监测血糖，艾滋病患者需规范抗病毒治疗以维持免疫功能。