小孩做脑CT和核磁共振检查通常不会造成明显伤害，但需根据病情权衡利弊。CT检查存在低剂量辐射，核磁共振无电离辐射但需配合保持静止。
脑CT检查使用的X射线属于电离辐射，但现代设备辐射剂量已显著降低，单次检查的辐射量在安全范围内。儿童对辐射敏感度略高于成人，但临床医生会严格遵循最小剂量原则，仅在必要时进行检查。检查前会使用铅防护设备屏蔽甲状腺等敏感部位，进一步减少辐射影响。对于疑似颅脑外伤、急性出血等紧急情况，CT的快速成像优势不可替代。
核磁共振检查不产生电离辐射，依靠磁场和无线电波成像，安全性较高。但检查时间较长，婴幼儿可能需服用镇静药物保持静止。幽闭恐惧症患儿可能在密闭空间内出现焦虑，新型开放式MRI设备可缓解此问题。体内有金属植入物或心脏起搏器的儿童禁止接受MRI检查，需提前告知医生。对于癫痫、脑肿瘤等疾病的精细评估，MRI的软组织分辨率更具诊断价值。
建议家长在医生指导下选择检查方式，避免不必要的重复检查。检查前可为儿童准备耳塞减少MRI噪音干扰，通过玩具或绘本缓解紧张情绪。若需镇静处理，应严格遵医嘱禁食禁水。检查后多饮水促进造影剂排泄，观察有无过敏反应。医疗机构应配备儿童专用检查参数和防护方案，最大限度保障安全。