甲状腺功能亢进症若不及时治疗，可能引发心律失常、心力衰竭、骨质疏松等严重并发症，甚至导致甲状腺危象危及生命。
甲状腺功能亢进症患者长期未接受规范治疗时，甲状腺激素持续过量分泌会加速机体代谢。心血管系统受累最为突出，表现为持续性心动过速、房颤等心律失常，心肌耗氧量增加可能导致心脏扩大和心力衰竭。骨骼系统因钙磷代谢紊乱出现骨量流失加速，易发生病理性骨折。部分患者会出现甲状腺相关性眼病进展，导致眼球突出、复视甚至视力丧失。消化系统症状如腹泻、肝功能异常可能加重，部分患者伴随肌无力或周期性麻痹。
最危险的并发症是甲状腺危象，常由感染、创伤或手术诱发，表现为高热、谵妄、严重心动过速和循环衰竭，病死率较高。妊娠期未控制的甲亢可能引发流产、早产或胎儿甲状腺功能障碍。儿童患者长期未治疗会影响生长发育和骨骼成熟。少数患者可能发展为淡漠型甲亢，以嗜睡、抑郁等非典型症状为主，但器官损害风险同样存在。
建议确诊甲状腺功能亢进症后立即开始规范治疗，包括抗甲状腺药物、放射性碘治疗或手术等方案。治疗期间需定期监测甲状腺功能、肝功能和血常规，避免摄入过量碘盐或海产品。日常注意记录静息心率变化，出现心慌、多汗加重或体重骤降时应及时复诊。合并骨质疏松者需补充钙剂和维生素D，心血管并发症患者须严格限制剧烈活动。