新生儿进行核磁共振检查通常没有辐射风险，但需在医生评估必要性后操作。核磁共振利用磁场和射频波成像，不会产生电离辐射，对新生儿安全性较高。
核磁共振检查过程中，新生儿需保持静止以获得清晰图像，可能需要使用镇静剂。镇静剂的使用需由专业医生根据新生儿体重、健康状况严格把控剂量，避免呼吸抑制等不良反应。检查时产生的噪音可能对新生儿听觉系统造成短暂刺激，但现代设备配有降噪耳罩等防护措施。磁场环境理论上可能对体内金属植入物产生影响，但新生儿极少存在此类情况。
极少数情况下，早产儿或患有严重心肺疾病的新生儿可能对镇静剂耐受性较差，需在重症监护条件下进行。先天性代谢异常患儿若存在金属元素沉积疾病，需提前告知医生评估风险。检查过程中体温调节能力较弱的新生儿可能出现短暂体温波动，需通过保温毯等设备维持正常体温。
建议家长在检查前配合医护人员做好准备工作，包括禁食、更换无金属衣物等。检查后需观察新生儿呼吸、肤色、肌张力等指标，出现异常及时告知医生。母乳喂养的母亲可正常哺乳，无需因检查中断喂养。若新生儿存在发育迟缓、惊厥等症状，核磁共振能帮助明确颅内结构异常，家长应遵医嘱完成必要检查。