前列腺电切手术可能存在术后出血、尿失禁、尿道狭窄、逆行射精和性功能障碍等缺点。该手术主要用于治疗良性前列腺增生，需严格评估手术指征。
术后出血是常见并发症，多发生在术后1-2周内，严重时需再次止血处理。术中电凝止血不彻底或术后创面结痂脱落均可导致出血，表现为血尿或血块堵塞导尿管。轻度出血可通过膀胱冲洗缓解，重度出血需行电凝止血术或输血治疗。尿失禁多表现为压力性尿失禁，与术中尿道括约肌损伤有关，多数患者在3-6个月内通过盆底肌训练恢复。急迫性尿失禁可能与膀胱过度活动有关，可配合索利那新片等药物改善。
尿道狭窄常发生在术后3-6个月，因尿道黏膜电灼伤后瘢痕形成所致，需定期行尿道扩张术。逆行射精因膀胱颈结构改变使精液反流至膀胱，通常不影响性快感但可能导致不育。性功能障碍包括勃起功能障碍和射精障碍，与术中神经血管束损伤相关，严重者可考虑服用他达拉非片等药物。部分患者可能出现水中毒综合征，因术中冲洗液吸收导致稀释性低钠血症，需监测电解质水平。
术后应保持导尿管通畅，避免剧烈活动1个月，每日饮水2000毫升以上稀释尿液。出现持续血尿、排尿困难或发热等症状需及时复诊。长期随访需监测残余尿量和尿流率，合并糖尿病或心血管疾病者更需注意并发症预防。饮食宜清淡，限制辛辣刺激食物，保持大便通畅以减少腹压。术后3个月内避免骑自行车等会阴部受压活动，定期复查前列腺特异性抗原水平。