羊水穿刺存在一定风险，但整体风险可控。主要风险包括感染、出血、羊水渗漏、胎儿损伤及流产，其中流产概率约为0.1%-0.3%。
羊水穿刺需在超声引导下进行，操作过程中可能因针头刺激导致子宫收缩或胎膜早破。术后可能出现短暂腹痛或阴道少量流血，通常无须特殊处理。感染风险与操作环境消毒程度相关，规范操作下概率较低。极少数情况下可能因胎盘位置异常或胎儿活动导致穿刺困难，需由经验丰富的医生评估后调整方案。技术成熟的医疗机构可将并发症控制在较低水平，术前需签署知情同意书并完善凝血功能等检查。
高龄孕妇、既往流产史或合并子宫畸形者风险略高，但必要性检查仍建议完成。若穿刺后出现持续发热、剧烈腹痛或阴道大量流液，需立即就医。目前无创产前基因检测可作为部分替代方案，但确诊仍需依赖羊水穿刺结果。
建议术前避免剧烈运动，术后卧床休息6-8小时，一周内禁止盆浴和性生活。保持穿刺部位清洁干燥，每日监测胎动变化，出现异常及时返院复查。均衡补充蛋白质和维生素，避免辛辣刺激饮食，保持情绪稳定有助于降低术后风险。定期产检可动态观察胎儿发育情况，医生会根据个体状况制定后续监测方案。