黄连具有清热燥湿、泻火解毒的功效，主要用于湿热痞满、呕吐泻痢、高热神昏、心火亢盛、目赤牙痛、痈肿疔疮等症。黄连的主要作用有抗菌消炎、调节胃肠功能、保护心血管、降血糖、抗肿瘤等。
1、抗菌消炎
黄连中的小檗碱等生物碱成分对多种细菌有抑制作用，能有效抑制金黄色葡萄球菌、痢疾杆菌等病原微生物的生长繁殖。黄连煎剂可用于治疗细菌性痢疾、急性胃肠炎等感染性疾病。临床常用黄连素片、盐酸小檗碱片等制剂。
2、调节胃肠功能
黄连能抑制胃酸分泌，保护胃黏膜，对胃溃疡、十二指肠溃疡有治疗作用。其苦味成分可促进消化液分泌，改善食欲不振。黄连配伍其他药物可用于治疗功能性消化不良，常用制剂有黄连上清丸、香连丸等。
3、保护心血管
黄连提取物能扩张冠状动脉，改善心肌供血，具有抗心律失常作用。小檗碱可降低血清胆固醇，预防动脉粥样硬化。临床用于辅助治疗冠心病、心绞痛等心血管疾病，常见制剂为黄连解毒丸。
4、降血糖
黄连中的生物碱能促进胰岛素分泌，提高胰岛素敏感性，改善糖代谢。研究发现黄连素可降低糖尿病患者的空腹血糖和餐后血糖。常用制剂包括黄连降糖胶囊、消渴丸等中成药。
5、抗肿瘤
黄连提取物对多种肿瘤细胞有抑制作用，能诱导肿瘤细胞凋亡，抑制肿瘤血管生成。临床研究表明黄连素辅助化疗可增强抗肿瘤效果，减轻化疗副作用。相关制剂有黄连抗肿瘤胶囊等。
使用黄连时需注意脾胃虚寒者慎用，长期大量服用可能导致胃肠不适。建议在医生指导下合理使用黄连制剂，避免自行用药。日常可配合清淡饮食，避免辛辣刺激性食物，保持规律作息，适当运动以增强体质。出现严重不良反应时应立即停药并就医。