健脾益胃丸与健脾丸的主要区别在于成分与功效侧重:健脾益胃丸侧重脾胃同调，含补气养阴成分；健脾丸侧重健脾消食，以消导为主。两者均用于脾胃虚弱，但适应症存在差异。
健脾益胃丸多含党参、白术、茯苓等健脾药材，同时配伍沙参、麦冬等养阴成分，适用于脾胃虚弱兼有口干舌燥、食欲不振等气阴两虚症状。其作用机制以补益脾胃之气为主，兼顾生津润燥，对慢性胃炎、功能性消化不良伴有黏膜损伤者更适用。
健脾丸则以炒白术、山楂、神曲等消食化积药材为主，侧重改善脾虚导致的食积腹胀、嗳气酸腐等症状。其配方设计更强调促进胃肠蠕动与消化液分泌，适用于单纯性脾虚食滞或饮食过量引起的功能性消化不良。两者虽均属OTC中成药，但联合用药需中医辨证指导。
使用两类药物期间均需避免生冷油腻食物，规律进食七分饱，可配合山药、薏苡仁等药膳调理。若服药两周症状未缓解，或出现腹痛加重、便血等异常，应立即停用并就医。脾胃虚弱者日常可练习八段锦"调理脾胃须单举"招式，避免空腹饮用浓茶咖啡。