百合固金丸和养阴清肺丸的主要区别在于成分与适应证不同。百合固金丸主要由百合、地黄、麦冬等组成，适用于肺肾阴虚引起的干咳少痰、咽干喉痛；养阴清肺丸含地黄、玄参、麦冬等，主治肺阴不足导致的燥咳、痰中带血。
百合固金丸以滋阴润肺、止咳化痰为主，方中百合养阴清心，地黄滋肾阴，麦冬润肺生津，多用于慢性支气管炎、肺结核等肺肾阴虚证。养阴清肺丸侧重清热养阴、凉血止血，玄参清热解毒，白芍敛阴养血，常用于干燥性咽炎、支气管扩张咯血等肺阴亏虚伴内热症状。两者虽均含地黄、麦冬，但百合固金丸更重肺肾同调，养阴清肺丸偏重肺经清热。
百合固金丸对潮热盗汗、腰膝酸软等肾阴虚症状更有针对性；养阴清肺丸对咽喉干痒、痰黏难咯等燥热伤阴表现效果更显著。需注意，百合固金丸不适用于外感咳嗽，养阴清肺丸不宜用于脾胃虚寒者。
使用这两种中成药前应辨证施治，避免自行用药。肺肾阴虚者可配合银耳羹、雪梨炖百合等食疗；肺燥患者宜多饮水，避免辛辣刺激食物。若服药后症状未缓解或出现腹泻、食欲减退等不良反应，应及时停用并就医。日常需注意保暖防燥，保持室内湿度，适度进行八段锦等养肺运动。