吃火龙果拉肚子可能与果肉中的膳食纤维刺激肠道、果糖不耐受、过敏反应、食用过量或变质有关。火龙果富含膳食纤维和低聚糖，可能加速肠道蠕动或引发渗透性腹泻。
火龙果的黑色籽粒和果肉含有大量不可溶性膳食纤维，过量摄入会直接刺激肠黏膜，导致肠道蠕动过快，未完全消化的食物残渣与水分快速排出形成腹泻。部分人群缺乏分解果糖的酶，火龙果中的果糖在肠道内积聚会升高渗透压，吸引水分进入肠腔引发渗透性腹泻。少数人对火龙果中的甜菜红素或蛋白质过敏，免疫系统释放组胺引发肠痉挛和腹泻。一次性食用超过200克火龙果可能因纤维素过量引发机械性刺激，冷藏后直接食用也可能因低温刺激肠道。储存不当导致火龙果变质时，细菌代谢产物会直接损伤肠黏膜。
遗传性果糖不耐受患者因醛缩酶B缺陷，食用含果糖的火龙果会出现严重腹泻。肠易激综合征患者肠道敏感度高，火龙果中的短链碳水化合物可能诱发症状。克罗恩病活动期患者肠道屏障功能受损，火龙果的粗纤维可能加重炎症反应。糖尿病患者过量食用火龙果可能因代糖成分引发渗透性腹泻。服用抗生素期间食用火龙果可能因肠道菌群紊乱加重腹泻症状。
出现腹泻后应暂停食用火龙果，适量补充淡盐水防止脱水，暂时选择低纤维食物如米粥、面条等减轻肠道负担。日常食用火龙果建议每次不超过100克，肠胃敏感者可将果肉中心的籽粒部分去除，过敏体质者首次尝试需观察24小时反应。储存时避免冷藏超过3天，切开的火龙果需2小时内食用完毕。若腹泻伴随发热、血便或持续超过48小时，需及时就医排查感染性肠炎等疾病。