莲藕一般不建议与富含鞣酸的食物（如柿子、浓茶）或高脂肪食物（如猪肝）大量同食，可能影响营养吸收或加重消化负担。
莲藕与柿子、浓茶等富含鞣酸的食物同食时，鞣酸可能与莲藕中的蛋白质结合形成沉淀，降低蛋白质吸收率并可能引发胃肠不适。莲藕本身淀粉含量较高，与猪肝等高脂肪食物大量同食可能延缓胃排空速度，导致腹胀。莲藕与寒性食物如螃蟹同食对脾胃虚寒者可能诱发腹泻，但正常体质人群少量食用通常无碍。莲藕含较多膳食纤维，与易产气食物如黄豆同食可能增加肠道产气量。新鲜莲藕中的多酚类物质遇铁锅烹饪可能发生氧化变色，但不影响食用安全性。
日常食用莲藕建议选择清炒、炖汤等低温烹饪方式以保留营养，脾胃虚弱者可搭配生姜、红枣等温性食材中和寒性。莲藕表皮易残留泥土，需彻底清洗后去皮或刷净再食用，发芽或霉变的莲藕应丢弃。莲藕淀粉含量较高，糖尿病患者需控制摄入量，过敏体质者首次食用应观察是否有皮肤瘙痒等反应。莲藕切开后易氧化变黑，可浸泡淡盐水或柠檬水中保存，冷藏不宜超过3天。