四神丸具有温肾散寒、涩肠止泻的功效，主要用于治疗肾阳不足所致的泄泻、五更泄泻等症状。
1、温肾散寒
四神丸中的补骨脂、肉豆蔻等成分能温补肾阳，驱散体内寒邪，改善因肾阳虚引起的畏寒肢冷、腰膝酸软等症状。肾阳不足可能导致水液代谢异常，引发腹泻，四神丸通过温阳作用调节水液平衡。
2、涩肠止泻
方中五味子、吴茱萸具有收敛固涩作用，可减少肠道蠕动过度导致的泄泻，尤其对五更泄泻效果显著。这类泄泻多表现为黎明前腹痛、肠鸣即泻，泻后痛减。
3、调理脾肾
四神丸通过补骨脂温肾，肉豆蔻暖脾，实现脾肾双补，适用于脾肾阳虚型慢性腹泻。长期脾肾两虚者常见食欲不振、完谷不化，服用后可改善消化功能。
4、改善五更泄泻
针对肾阳不足导致的五更泄泻，四神丸能有效缓解每日黎明时分出现的规律性腹泻，其温补作用可逐渐恢复肾脏固摄功能，减少夜间肠鸣腹痛。
5、辅助治疗慢性肠炎
对于慢性肠炎属脾肾阳虚证者，四神丸可辅助减少腹泻频次，改善大便溏薄症状。但需配合其他药物治疗原发病，不可单独用于感染性肠炎。
服用四神丸期间需注意忌食生冷油腻食物，避免加重脾胃负担；长期腹泻患者应配合饮食调理，适量摄入山药、莲子等健脾食材；若服药后症状未缓解或出现口干、便秘等不适，应及时就医调整用药方案；老年人及体弱者应在医师指导下使用，避免过量；储存时需密封防潮，保持药品干燥。