婴儿食物蛋白过敏多数情况下可以治愈，随着年龄增长和免疫系统发育完善，部分患儿可逐渐耐受过敏食物。少数严重过敏或合并其他免疫异常的患儿可能需长期管理。
婴儿食物蛋白过敏的治愈与免疫耐受机制密切相关。早期表现为皮肤湿疹、呕吐或腹泻等症状，多数患儿在严格回避过敏原2-3年后，经医生指导进行口服食物激发试验，约60%-80%对牛奶、鸡蛋等常见过敏原产生耐受。肠道菌群调节和维生素D补充可能有助于促进免疫耐受形成。
约10%-20%患儿可能持续过敏至学龄期，尤其对花生、坚果等过敏者。这类患儿常伴有特应性皮炎或哮喘等过敏性疾病家族史，需长期携带肾上腺素笔并定期复查。免疫疗法如舌下含服或皮下注射脱敏治疗，在部分研究中心取得阶段性成果，但尚未成为常规临床方案。
家长应定期记录患儿饮食反应，在营养师指导下选择深度水解配方奶粉或氨基酸配方奶粉替代喂养，避免盲目进行食物回避导致营养不良。引入新辅食时遵循单一品种、小剂量、间隔3天的原则，使用专用餐具避免交叉污染。保持皮肤清洁湿润可减少特应性皮炎发作，居家环境需控制尘螨和宠物皮屑等常见过敏原。建议每3-6个月复查特异性IgE抗体和皮肤点刺试验，由过敏专科医生评估耐受进展情况。