扁平疣不治疗有可能自愈，但概率较低且需要较长时间。扁平疣是由人乳头瘤病毒感染引起的皮肤良性赘生物，部分患者可能通过自身免疫力清除病毒实现自愈。
免疫系统功能较强的青少年患者中，约有20%-30%的扁平疣可在1-2年内自行消退。这种情况多见于疣体数量少、未反复搔抓刺激的个体，病毒可能被免疫系统识别并清除。但自行消退的疣体可能遗留暂时性色素沉着，且存在复发可能。
多数成年患者的扁平疣难以自愈，尤其伴随糖尿病、长期使用免疫抑制剂等免疫力低下情况时。未治疗的疣体可能持续存在数年，通过自体接种扩散至周围皮肤，形成线状排列的Koebner现象。反复摩擦刺激还可能诱发局部感染或疣体增生。
建议扁平疣患者避免搔抓或自行剪除疣体，防止病毒扩散。保持规律作息和均衡饮食有助于增强免疫力，可适量补充富含维生素A、C、E的食物如胡萝卜、柑橘、坚果等。若疣体持续增大、数量增多或出现红肿疼痛，应及时到皮肤科就诊，医生可能根据病情选择冷冻治疗、激光祛除或外用咪喹莫特乳膏等处理方案。日常需注意个人用品单独清洗消毒，减少与他人皮肤直接接触以降低传染风险。