肛瘘药物治疗方法主要有抗生素类、抗炎镇痛类、中药外敷类、促愈合类和免疫调节类药物，需在医生指导下使用。
1、抗生素类
肛瘘合并感染时可使用抗生素控制细菌繁殖。常用药物包括头孢克肟分散片、阿莫西林克拉维酸钾片和左氧氟沙星片。这类药物能抑制金黄色葡萄球菌等常见致病菌，但需注意避免长期使用导致肠道菌群失调。
2、抗炎镇痛类
非甾体抗炎药如双氯芬酸钠缓释片、塞来昔布胶囊可缓解肛周红肿热痛症状。对乙酰氨基酚片适用于轻度疼痛，但无法消除瘘管病灶。使用期间需监测胃肠反应。
3、中药外敷类
马应龙麝香痔疮膏、肛泰软膏等含麝香、冰片成分的中药制剂，通过外敷可消肿止痛。康复新液湿敷能促进创面清洁，但过敏体质者需慎用。
4、促愈合类
重组人表皮生长因子凝胶可加速瘘管创面修复，配合高锰酸钾坐浴效果更佳。硫酸锌软膏能改善局部微循环，但深部瘘管仍需手术干预。
5、免疫调节类
对于克罗恩病等免疫性疾病继发的肛瘘，可能需要使用英夫利昔单抗注射液调节免疫反应。此类生物制剂需严格评估适应证，不可自行用药。
肛瘘患者除药物治疗外，需保持肛门清洁干燥，每日用温水坐浴1-2次，每次10-15分钟；饮食应避免辛辣刺激食物，增加膳食纤维摄入预防便秘；避免久坐久站，可进行提肛运动改善局部血液循环；内裤选择纯棉透气材质，出现分泌物增多或发热等症状应及时复诊。药物治疗期间需定期复查瘘管变化，多数患者最终仍需手术根治。