高位肛门闭锁通过规范治疗通常可以治愈，但可能遗留排便功能障碍。治疗需结合手术重建肛门及术后康复训练，部分患儿需长期随访管理。
高位肛门闭锁是先天性直肠发育异常导致的肛门缺如或闭锁，其治愈性取决于畸形严重程度和手术时机。新生儿期行肛门成形术可重建肛门结构，术后配合扩肛训练帮助恢复排便功能。对于合并直肠尿道瘘等复杂畸形者，需分期手术处理。术后可能出现肛门狭窄、大便失禁等并发症，需通过生物反馈训练改善。部分患儿存在骶神经发育不良，需终身进行排便管理。
患儿术后应坚持每日温水坐浴保持肛门清洁，遵医嘱使用开塞露辅助排便，避免用力排便导致伤口裂开。饮食上增加膳食纤维摄入，培养定时排便习惯，定期复查肛门功能。家长需记录排便日记监测异常，发现排便困难或失禁加重时及时复诊。康复期可配合电刺激治疗增强盆底肌力，必要时使用止泻药或缓泻药调节排便。