输精管疼痛能否自愈需根据病因决定，轻微炎症或物理刺激可能自愈，但感染、结石或肿瘤等疾病需医疗干预。
输精管疼痛若由短暂性物理刺激如剧烈运动或轻微摩擦引起，通常休息后1-3天可缓解。避免继续刺激并保持局部清洁有助于恢复。若疼痛与慢性前列腺炎或附睾炎相关，可能持续数周以上且伴随排尿异常，需抗生素如左氧氟沙星片、头孢克肟分散片治疗。输精管结石或梗阻引发的疼痛常需超声检查确诊，必要时行输精管吻合术解除阻塞。睾丸扭转等急症须在6小时内手术复位，否则可能导致组织坏死。长期未缓解的疼痛可能提示肿瘤，需通过病理活检明确性质。
部分患者因精索静脉曲张导致钝痛，久站后加重，穿戴阴囊托带可减轻症状，严重者需精索静脉高位结扎术。结核杆菌感染引起的输精管疼痛需联合异烟肼片、利福平胶囊抗结核治疗6个月以上。糖尿病患者合并神经病变时可能出现持续性隐痛，需控制血糖并配合甲钴胺片营养神经。先天性输精管发育异常者可能需显微外科修复。
出现输精管疼痛应避免自行服用止痛药掩盖病情，建议记录疼痛特点与伴随症状。急性剧痛或伴随发热、血精需立即就医。日常避免长时间骑行或压迫会阴部，选择透气内衣减少摩擦。规律排精有助于预防前列腺液淤积，但需控制频率以防充血加重疼痛。饮食上减少辛辣刺激食物摄入，适量补充维生素B族和锌元素有助于生殖系统修复。定期男科体检可早期发现潜在病变。