晚期隐性梅毒经过规范治疗通常可以治愈，但可能遗留不可逆的组织损伤。治疗需以青霉素类药物为主，疗程和效果与个体免疫状态、器官受累程度密切相关。
隐性梅毒是梅毒螺旋体感染后的无症状阶段，晚期指感染超过2年或病程不明确的情况。此时病原体可能已侵犯心血管、神经系统等深层组织，但血清学检测仍呈阳性。规范治疗采用苄星青霉素注射液肌肉注射，每周1次连续3周，或普鲁卡因青霉素注射液每日肌注连续20天。对青霉素过敏者可选用多西环素片或四环素片替代，但疗效稍逊。治疗后需定期复查非特异性抗体滴度，直至转阴或维持低水平2年以上。
若已出现主动脉炎、神经梅毒等并发症，需联合糖皮质激素或脑脊液引流等对症处理。部分患者治疗后血清固定现象可能持续终身，需与活动性感染鉴别。未经治疗的晚期隐性梅毒可能进展为三期梅毒，导致瘫痪、失明等严重后遗症。
患者治疗期间应避免性接触直至医生确认无传染性，保持规律作息增强免疫力，定期监测肝肾功能。合并HIV感染者需调整用药方案并加强随访。接触者应同步筛查，妊娠期患者须接受阻断治疗防止垂直传播。治愈后仍需每年复查血清学指标，注意心血管和神经系统异常症状的监测。