甲状腺功能减退症合并甲状腺肿大能否治愈需根据病因决定，部分患者通过规范治疗可恢复正常功能，部分需长期药物控制。
甲状腺功能减退症合并甲状腺肿大的治愈性与病因密切相关。由碘缺乏引起的甲状腺肿大，在及时补充碘剂并纠正甲状腺功能后，甲状腺体积可能逐渐恢复正常。这类患者通过规范治疗通常预后良好。桥本甲状腺炎导致的甲状腺肿大属于自身免疫性疾病，目前尚无法根治，但通过左甲状腺素钠片等药物替代治疗可有效控制甲状腺功能，甲状腺肿大也可能部分回缩。药物需终身服用以维持正常代谢状态。甲状腺术后或放射性治疗引起的甲减需长期替代治疗，甲状腺肿大通常不可逆。先天性甲状腺发育异常者需在出生后立即开始治疗，否则可能影响智力发育，这类患者也需要终身服药。
极少数亚急性甲状腺炎患者可能出现暂时性甲减伴甲状腺肿大，随着炎症消退，甲状腺功能与结构可能自行恢复。甲状腺恶性肿瘤术后患者若出现甲减需终身替代治疗，甲状腺肿大是否改善取决于肿瘤性质与手术范围。部分甲状腺结节合并甲减患者，在纠正甲减后结节可能缩小，但恶性结节需手术干预。
甲减合并甲状腺肿大患者需定期监测甲状腺功能与超声，遵医嘱调整药物剂量。日常应保证均衡饮食，适量摄入海带紫菜等含碘食物但避免过量，桥本甲状腺炎患者需限制高碘饮食。注意保暖避免受凉，适度运动改善代谢，保证充足睡眠。出现颈部压迫症状或甲状腺突然增大应及时就医。长期服药者不可擅自停药或更改剂量，妊娠期及儿童患者更需严格随访。