甲状腺肿瘤恶性程度需结合病理类型判断，乳头状癌等低度恶性肿瘤预后较好，未分化癌等高度恶性肿瘤则进展迅速。
甲状腺恶性肿瘤的严重程度与病理类型密切相关。乳头状癌占甲状腺癌的绝大部分，生长缓慢且转移概率低，10年生存率较高。滤泡状癌恶性程度略高，可能出现血行转移至肺或骨骼，但早期治疗仍有较好效果。髓样癌具有遗传倾向，可能伴随腹泻或面部潮红等症状，需监测降钙素水平。未分化癌虽罕见但侵袭性强，短期内可压迫气管导致呼吸困难，多数确诊时已失去手术机会。部分低分化癌介于分化型与未分化型之间，具有局部复发倾向。
特殊情况下甲状腺淋巴瘤可能被误诊为未分化癌，对放疗敏感但需与全身淋巴瘤鉴别。转移性甲状腺肿瘤通常来自乳腺癌或肾癌，需追溯原发灶。儿童甲状腺结节恶性概率高于成人，但多为分化型癌且对治疗反应良好。妊娠期发现的甲状腺癌若无快速进展可延期至分娩后处理。家族性髓样癌患者需筛查RET基因突变以预防性切除甲状腺。
确诊甲状腺肿瘤后应完善超声与穿刺检查明确性质，分化型癌患者术后需终身服用左甲状腺素钠片维持TSH抑制治疗，未分化癌可考虑靶向药物临床试验。日常避免颈部受压或外伤，规律复查甲状腺功能与颈部淋巴结情况，出现声音嘶哑或吞咽障碍需及时就诊。保持均衡饮食并适量摄入海产品，放射性碘治疗期间需低碘饮食，术后伤口愈合前限制剧烈运动。