生殖器疱疹治愈后可能会复发，复发概率与个体免疫状态、病毒潜伏情况等因素有关。
生殖器疱疹由单纯疱疹病毒2型感染引起，病毒可长期潜伏于神经节中。当机体免疫力下降时，如熬夜、压力大、感冒或患有其他疾病，潜伏的病毒可能被激活并沿神经纤维迁移至皮肤黏膜，导致疱疹复发。复发的症状通常较初发轻微，表现为局部灼热感、瘙痒或刺痛，随后出现簇集性小水疱，破溃后形成浅表溃疡。
部分患者可能终身不复发，这与病毒载量、感染时间以及自身免疫系统功能密切相关。免疫功能正常者复发频率较低，而艾滋病患者、长期使用免疫抑制剂者可能频繁发作。妊娠期女性因激素变化也可能诱发复发，需特别注意母婴垂直感染风险。
预防复发需保持规律作息，避免过度疲劳和精神紧张，加强营养摄入保证免疫力稳定。发作期间应避免性接触，日常注意消毒个人用品。出现复发征兆时可及时就医，医生可能根据情况开具阿昔洛韦片、泛昔洛韦胶囊等抗病毒药物进行抑制治疗。建议定期复查免疫功能，合并其他疾病需积极治疗基础病。女性孕前应进行专项筛查，必要时接受母婴阻断干预。