甲状腺功能减退症多数情况下无法彻底治愈，但通过规范治疗可有效控制症状。甲状腺功能减退症可能与自身免疫损伤、甲状腺手术、碘缺乏、药物影响、垂体病变等因素有关。
甲状腺功能减退症的治疗效果与病因密切相关。由桥本甲状腺炎引起的甲状腺功能减退症需要终身服用左甲状腺素钠片进行替代治疗，通过定期监测甲状腺功能调整剂量，可将甲状腺激素水平维持在正常范围。因碘缺乏导致的甲状腺功能减退症在早期及时补碘后可能实现功能恢复，但长期严重缺碘造成的甲状腺组织损伤往往不可逆。甲状腺部分切除术后引发的甲状腺功能减退症需根据剩余甲状腺组织的代偿能力判断，多数患者需长期服药。药物因素如锂制剂、干扰素等引起的甲状腺功能减退在停用相关药物后，部分患者甲状腺功能可逐渐恢复正常。垂体病变导致的继发性甲状腺功能减退症需针对垂体病因治疗，同时补充甲状腺激素。
极少数暂时性甲状腺炎如亚急性甲状腺炎、产后甲状腺炎引发的甲状腺功能减退可能自行缓解，但需密切随访甲状腺功能变化。先天性甲状腺发育不全或甲状腺激素合成障碍患者需终身接受替代治疗。伴有甲状腺结节或肿瘤的甲状腺功能减退症在手术切除病灶后，需评估剩余甲状腺功能决定是否用药。放射性碘治疗甲亢后并发的甲状腺功能减退通常为永久性，需持续监测激素水平。严重营养不良或蛋白质能量不足导致的甲状腺功能异常在改善营养状况后可能恢复。
甲状腺功能减退症患者需遵医嘱定期复查甲状腺功能，保持规律服药，不可自行调整剂量。日常饮食应注意适量摄入含碘食物如海带紫菜，避免过量摄入致甲状腺肿物质如卷心菜甘蓝。保持适度运动有助于改善代谢，冬季需注意保暖。出现乏力加重、浮肿、嗜睡等症状变化时应及时就医。备孕及妊娠期女性需特别关注甲状腺功能监测，确保胎儿正常发育。老年患者需警惕药物过量引发心律失常等不良反应，建议每3-6个月进行甲状腺功能检测。