结肠镜和直肠镜的主要区别在于检查范围不同，结肠镜可观察全结肠及末端回肠，直肠镜仅检查直肠和部分乙状结肠。
结肠镜采用长约160厘米的软管式内窥镜，前端配备高清摄像头和光源，可依次通过肛门、直肠、乙状结肠、降结肠、横结肠、升结肠直至回盲部，完整观察大肠黏膜状态。检查前需进行3天低渣饮食和口服泻药清洁肠道，过程中可能需注气扩张肠腔便于观察，全程约需20-40分钟。该检查能发现结肠息肉、溃疡性结肠炎、克罗恩病等全结肠病变，同时可进行活检或息肉切除治疗。
直肠镜通常为硬质或半硬质镜体，长度约25厘米，仅能观察距肛门15-20厘米的直肠及部分乙状结肠。检查前仅需灌肠清洁直肠，操作时间约5-10分钟。主要用于诊断直肠炎、内痔、直肠息肉等局部病变，但因视野有限可能遗漏近端结肠病变。两种检查均需在医生指导下选择，肠穿孔、严重心肺疾病患者禁用。
无论进行结肠镜或直肠镜检查，检查前3天应避免食用红色食物及带籽水果，检查当日需空腹。术后2小时内禁食，待麻醉恢复后可先饮用温水，无不适再进食流质。24小时内避免驾驶或高空作业，若出现持续腹痛、便血或发热需立即就医。日常建议增加膳食纤维摄入，保持规律排便习惯，40岁以上人群建议每5-10年进行结肠癌筛查。