脑炎能否彻底治愈取决于病因和病情严重程度，多数病毒性脑炎经规范治疗可痊愈，部分重症或特殊病原体感染可能遗留后遗症。
病毒性脑炎如单纯疱疹病毒性脑炎、乙型脑炎等，早期使用阿昔洛韦注射液、更昔洛韦胶囊等抗病毒药物联合对症支持治疗，多数患者1-3个月可完全恢复。细菌性脑膜炎使用注射用头孢曲松钠、美罗培南注射液等抗生素后，治愈率较高。自身免疫性脑炎通过免疫球蛋白冲击治疗、甲泼尼龙片等免疫调节药物，症状多能有效控制。
结核性脑膜炎需规范服用异烟肼片、利福平胶囊等抗结核药物12-18个月，治愈率相对较低且易复发。部分重症患者可能出现癫痫、认知障碍等神经系统后遗症，需长期康复训练。HIV相关脑炎、朊病毒性脑病等特殊类型，目前尚无法根治。
脑炎患者康复期需保证充足营养摄入，适当补充维生素B族和优质蛋白，如鸡蛋、鱼肉等。避免剧烈运动但需坚持肢体功能锻炼，认知障碍者可进行记忆训练。定期复查脑电图、头颅MRI等评估恢复情况，遗留癫痫者需遵医嘱服用左乙拉西坦片、奥卡西平片等抗癫痫药物。出现头痛加重、发热等症状应及时复诊。