尖锐湿疣手术存在一定风险，但风险程度与手术方式、患者个体差异及术后护理密切相关。常见风险包括出血、感染、瘢痕形成等，规范操作可有效降低风险。
尖锐湿疣手术风险主要与操作技术相关。高频电刀或激光治疗时可能因能量控制不当导致局部组织灼伤，表现为术后创面红肿疼痛加剧。二氧化碳激光对疣体周围正常皮肤的热损伤风险较高，需由经验丰富的医生精准操作。冷冻治疗中液氮接触时间过长可能引起皮肤色素脱失或水疱形成，尤其好发于皮肤较薄部位如包皮、小阴唇等。手术切除缝合后可能出现线结反应或缝线断裂，导致伤口愈合延迟。部分患者术后因护理不当引发继发感染，表现为分泌物增多、异味或发热。
特殊情况下风险可能增加。免疫功能低下患者如艾滋病感染者或长期使用免疫抑制剂者，术后创面愈合缓慢且复发概率显著升高。妊娠期女性因生殖器充血更易术中出血，需选择妊娠安全的手术方式。肛周或尿道口疣体切除可能因解剖复杂导致排便排尿功能障碍。极少数情况下，反复发作的巨型尖锐湿疣可能因多次手术引发局部组织变形。瘢痕体质患者术后易形成增生性瘢痕或瘢痕疙瘩。
术后应保持创面清洁干燥，每日使用生理盐水冲洗后涂抹抗生素软膏如莫匹罗星软膏。避免剧烈运动导致伤口撕裂，穿宽松棉质内衣减少摩擦。术后1个月内禁止性生活，定期复查至创面完全愈合。饮食宜清淡，多摄入富含维生素C的柑橘类水果及优质蛋白如鱼肉鸡蛋，促进组织修复。出现持续出血、化脓或发热症状需立即返院处理。术后3-6个月为复发高发期，建议每4周复查一次，必要时配合干扰素凝胶局部涂抹降低复发概率。