肾结石微创手术对肾脏的影响通常较小，但具体需根据结石大小、位置及患者肾功能综合评估。常见术式包括经皮肾镜碎石术、输尿管软镜碎石术等。
经皮肾镜碎石术需在腰部建立微小通道，可能造成短暂性肾实质损伤，但健康肾脏具有代偿功能，术后1-3个月多可恢复。输尿管软镜碎石术通过自然腔道操作，基本不损伤肾实质，但反复操作可能增加尿路感染风险。两种术式均可能引起短暂血尿，多数在2-3天内自行消失。术中灌注液压力过高可能导致肾盂内压升高，但现代设备已配备压力监测系统降低该风险。术后肾周血肿发生率不足5%，且多可通过保守治疗吸收。
对于孤立肾、肾功能不全或复杂鹿角形结石患者，手术风险相对增加，可能需分期手术。既往有肾手术史者局部粘连可能影响穿刺定位。合并尿路感染未控制时手术可能诱发脓毒血症。凝血功能障碍患者术中出血风险升高，需提前纠正。儿童肾脏体积较小，操作空间有限，技术要求更高。
术后应保持每日饮水量2000-3000毫升，避免浓茶咖啡等高草酸饮品，限制钠盐摄入每日不超过5克。适度进行步行等低强度运动促进残石排出，但2周内避免弯腰提重物。定期复查泌尿系超声和肾功能检测，观察结石清除情况及肾脏恢复状态。出现持续发热、严重血尿或腰痛加剧需及时就医。长期预防可遵医嘱使用枸橼酸钾颗粒调节尿液酸碱度，或服用氢氯噻嗪片减少尿钙排泄。