窦性心律不齐可能影响心血管系统、呼吸系统及代谢性疾病，主要关联疾病包括冠心病、慢性阻塞性肺病、甲状腺功能亢进等。
窦性心律不齐本身多为生理性改变，但若合并其他基础疾病可能加重病情。冠心病患者因心肌供血不足，窦性心律不齐可能诱发心绞痛或心肌缺血加重。慢性阻塞性肺病患者因长期缺氧，窦性心律不齐可导致肺动脉压力升高，加速右心功能衰竭。甲状腺功能亢进时，过量的甲状腺激素直接作用于心脏传导系统，窦性心律不齐可能进展为房颤等严重心律失常。部分糖尿病患者自主神经功能紊乱，窦性心律不齐可能伴随体位性低血压发作。电解质紊乱如低钾血症患者，窦性心律不齐可能发展为室性心律失常。
存在窦性心律不齐者应定期监测心电图，合并基础疾病时需积极控制原发病。保持规律作息、避免过度劳累和情绪激动，限制咖啡因及酒精摄入。建议进行适度有氧运动如快走或游泳，每周3-5次，每次30分钟。饮食注意补充富含镁的食物如坚果和深绿色蔬菜，高血压患者需严格控盐。若出现心悸、胸闷或晕厥等症状应及时心内科就诊，必要时完善动态心电图或心脏超声检查。