扁桃体炎反复发作可能引发局部感染扩散、全身并发症及慢性炎症，需及时干预控制。
扁桃体炎反复发作时，炎症可能向周围组织扩散，导致扁桃体周围脓肿或急性中耳炎。脓肿形成后可能压迫气道，引发呼吸困难，需穿刺引流或手术切开治疗。长期炎症刺激会使扁桃体实质纤维化，形成病灶性感染，成为全身感染的潜在来源。
反复感染可能诱发免疫系统异常反应，增加风湿热、急性肾小球肾炎等疾病的发病概率。链球菌感染后的变态反应可损伤心脏瓣膜，导致风湿性心脏病。部分患者可能出现低热、乏力等全身症状，影响生长发育和学习效率。
慢性扁桃体炎可能改变局部免疫功能，导致IgA分泌减少，增加呼吸道感染频率。长期炎症刺激与睡眠呼吸暂停综合征相关，夜间缺氧可能影响心血管功能。儿童患者可能出现腺样体面容，影响颌面部发育。
病灶性扁桃体炎可能成为远隔器官感染的来源，与银屑病、虹膜睫状体炎等疾病存在关联。细菌内毒素入血后可能引发菌血症，需静脉使用抗生素控制。反复使用抗生素可能增加细菌耐药风险，导致治疗难度上升。
长期炎症可能导致扁桃体隐窝上皮化生，形成角化物潴留囊肿。部分患者可能出现舌根淋巴组织代偿性增生，产生咽部异物感。极少数情况下可能发生扁桃体恶性肿瘤，需病理检查确诊。
扁桃体炎反复发作患者应保持口腔清洁，每日用温盐水漱口3-4次，避免辛辣刺激性食物。保证每日饮水量1500-2000毫升，室内湿度维持在50%-60%。急性期需卧床休息，选择富含维生素C的果蔬如猕猴桃、西蓝花。适度进行有氧运动增强体质，但避免剧烈运动后受凉。出现咽痛加重或发热时应尽早就医，避免自行使用抗生素。术后患者需遵循流质-半流质-软食的渐进饮食原则，两周内避免过硬过热食物。