长期扁桃体化脓可能引发局部感染扩散、全身并发症及慢性炎症反应，需及时干预。
扁桃体反复化脓可能导致周围组织感染，如扁桃体周围脓肿或咽旁间隙感染，表现为吞咽困难、颈部肿痛。炎症未控制时可能诱发急性中耳炎或鼻窦炎，出现耳痛、流脓涕。部分患者因链球菌感染继发风湿热或肾小球肾炎，伴随关节肿痛、血尿。长期慢性炎症刺激可能增加睡眠呼吸暂停概率，夜间打鼾、缺氧。少数免疫功能低下者可能出现败血症，表现为持续高热、寒战。
儿童长期扁桃体化脓可能影响颌面部发育，出现腺样体面容。炎症反复发作可导致扁桃体实质纤维化，失去免疫功能。部分患者因持续低热、乏力影响学习工作效率。极少数情况下可能诱发心肌炎或心内膜炎，出现心悸、胸闷。长期使用抗生素可能引发肠道菌群失调，伴随腹泻、消化不良。
建议保持口腔清洁，每日用温盐水漱口3-4次，避免辛辣刺激食物。急性发作期需卧床休息，多饮温水，可适量食用百合、雪梨等润喉食材。日常加强锻炼增强体质，寒冷季节注意颈部保暖。若每年发作超过4次或伴随呼吸困难，应及时耳鼻喉科就诊评估手术指征。术后恢复期应选择流质饮食，避免剧烈咳嗽，定期复查创面愈合情况。