耳膜穿孔的自愈过程通常分为炎症消退期、上皮再生期和纤维修复期三个阶段，多数小穿孔可在1-3个月内自行愈合。
炎症消退期发生在穿孔后1周内，穿孔边缘会出现充血水肿，伴随少量渗液，此时需保持耳道干燥避免感染。上皮再生期持续2-4周，新生上皮细胞从穿孔边缘向中心爬行覆盖，形成单层上皮结构，此阶段可能出现轻微瘙痒感。纤维修复期需要4-12周，纤维母细胞分泌胶原蛋白形成致密结缔组织层，最终完成全层修复，修复后的区域常比周围正常鼓膜稍薄。
穿孔直径小于3毫米的中央型穿孔自愈概率较高，边缘型穿孔或合并中耳炎者愈合较慢。儿童因新陈代谢旺盛，自愈速度通常快于成人。若3个月后仍未愈合，可能需考虑鼓膜修补术干预。
耳膜穿孔期间应避免用力擤鼻、游泳或潜水，防止污水进入中耳腔，洗澡时可用无菌棉球堵塞外耳道口。保持充足睡眠有助于组织修复，适当补充维生素C和蛋白质可促进伤口愈合。若出现耳痛加剧、流脓或听力明显下降，须及时就诊耳鼻喉科进行专业处理，避免继发中耳胆脂瘤等并发症。