咽喉炎反复发作可能引发慢性咽喉炎、中耳炎、扁桃体周围脓肿等并发症，长期未规范治疗还可能增加喉癌风险。
咽喉炎反复发作容易导致黏膜持续充血水肿，形成慢性咽喉炎，表现为咽干、咽痒、异物感长期存在。炎症可能通过咽鼓管蔓延至中耳腔，诱发分泌性中耳炎，出现耳闷、听力下降。当致病菌毒力较强时，可能引发扁桃体周围间隙化脓感染，形成扁桃体周围脓肿，伴随剧烈咽痛、张口困难、高热等症状。长期慢性炎症刺激会使喉部黏膜上皮异常增生，特别是吸烟患者，可能逐步发展为喉癌。部分患者因长期咽部不适频繁清嗓，可能造成声带小结或息肉。
儿童反复发作可能影响颌面部发育，出现腺样体面容。孕妇发作时可能因用药限制导致病程迁延，影响胎儿营养吸收。糖尿病患者容易继发深部间隙感染，老年人可能诱发吸入性肺炎。职业用嗓者会出现声音嘶哑加重，影响正常工作。免疫功能低下者可能引发败血症等全身感染。
预防咽喉炎反复发作需戒烟酒、避免辛辣刺激饮食，保持室内空气湿润，冬季外出佩戴口罩。用嗓过度人群应掌握正确发声方法，教师、歌手等可定期做喉部保健。慢性病患者需控制基础疾病，过敏体质者远离过敏原。出现咽痛持续不缓解、呼吸困难、颈部肿块等症状时须及时就诊。日常可饮用罗汉果茶、蜂蜜水缓解咽干，淡盐水漱口有助于清洁咽喉部。适当进行有氧运动增强体质，保证充足睡眠避免免疫力下降。