脑积水可能遗留后遗症，后遗症的发生与病情严重程度、治疗时机及基础病因密切相关。
轻度脑积水患者若及时接受治疗，通常不会出现明显后遗症。通过脑室腹腔分流术或神经内镜三脑室造瘘术等手术干预，多数患者脑脊液循环可恢复正常。术后配合康复训练，认知功能、运动能力等可逐步改善。部分婴幼儿患者因颅缝未闭合，头颅异常增大可能随治疗缓解。
中重度脑积水患者可能出现不可逆神经损伤。长期颅内压增高可导致脑组织萎缩，引发智力障碍、肢体瘫痪或癫痫发作。婴幼儿未及时治疗可能遗留头围异常、视力听力损害。部分患者术后需终身携带分流管，存在感染、堵塞等并发症风险。继发于肿瘤、感染的脑积水，原发病也可能加重后遗症。
脑积水患者需定期复查头颅影像学检查，监测脑室变化。术后患者应避免剧烈运动以防分流管移位，出现头痛、呕吐等症状需立即就医。婴幼儿患者家长需关注其头围增长、运动发育指标，遵医嘱进行早期干预训练。成人患者可结合认知训练、物理治疗改善功能障碍，必要时使用抗癫痫药物控制发作。日常注意预防跌倒、感染等诱发因素，保持均衡饮食有助于神经修复。