肠镜检查过程中可能会有轻微不适，但多数人可以忍受。肠镜的不适感主要与个人耐受性、肠道准备情况、医生操作技术等因素有关。
肠镜检查时，医生会将带有摄像头的软管从肛门插入，逐步推进至结肠。这一过程可能引起腹胀、牵拉感或短暂痉挛性疼痛，尤其在肠镜通过肠道弯曲部位时。但现代肠镜设备管径较细且柔软，配合医生熟练操作，多数人仅感到轻微不适。检查前使用的肠道清洁剂可减少粪便残留，降低操作难度和不适感。部分医疗机构会提供镇静镇痛药物，使受检者在浅睡眠状态下完成检查，几乎感觉不到疼痛。
少数对疼痛敏感、肠道结构异常或既往有腹部手术史的患者，可能出现较明显的疼痛。肠道炎症、粘连等情况可能增加操作难度，导致不适感加重。精神紧张会放大痛觉感知，使耐受度下降。这类情况下可与医生沟通调整检查方案，如选择无痛肠镜或改用其他检查方式。
肠镜检查前应严格遵医嘱进行肠道准备，检查当天穿宽松衣物便于操作。检查后1-2小时待麻醉消退再进食，宜选择清淡易消化的流质或半流质食物，避免辛辣刺激食物。24小时内避免驾驶或高空作业等需要高度集中注意力的活动。若出现持续腹痛、便血或发热等症状应及时就医。定期肠镜检查是结直肠癌筛查的重要手段，建议50岁以上人群或有家族史者按医嘱定期检查。