怀孕40天需根据个体情况选择药物流产或手术流产，具体方式需由医生评估后决定。
药物流产适用于妊娠49天内的健康女性，通过服用米非司酮片和米索前列醇片终止妊娠，需在医生监护下完成。手术流产包括负压吸引术和钳刮术，负压吸引术适用于妊娠10周内，通过真空装置清除宫腔内容物。钳刮术适用于妊娠10-14周，需扩张宫颈后钳取胚胎组织。两种手术均需在正规医疗机构由专业医师操作，术前需完善超声检查确认孕囊位置，术后需预防感染和出血。药物流产可能出现不全流产需清宫，手术流产可能发生子宫穿孔等并发症，均需严格随访。
流产后需卧床休息1-3天，1个月内禁止性生活及盆浴，保持会阴清洁，每日更换内裤。饮食宜补充优质蛋白如鱼肉蛋奶，多食含铁食物如动物肝脏预防贫血，避免生冷辛辣刺激。术后7-10天复查超声确认宫腔恢复情况，出现发热、腹痛加剧或出血超过月经量需及时就诊。注意心理调适，必要时寻求专业心理咨询，流产后卵巢功能通常4-6周恢复，需做好避孕措施避免短期再次妊娠。