甲状腺微小乳头状癌通常能治好，多数患者通过规范治疗可获得长期生存。甲状腺微小乳头状癌是甲状腺癌中预后较好的类型，恶性程度低且进展缓慢。
甲状腺微小乳头状癌的治疗效果与肿瘤大小、是否转移及治疗方式密切相关。肿瘤直径小于10毫米且未突破甲状腺包膜时，手术完整切除后复发概率较低。部分低危患者可选择单侧甲状腺切除，术后定期复查甲状腺功能及超声即可。若肿瘤侵犯周围组织或存在淋巴结转移，需扩大切除范围并配合放射性碘治疗。术后长期随访数据显示，规范治疗的10年生存率超过90%。
极少数患者可能出现远处转移或对放射性碘治疗不敏感，此时需结合靶向药物或外照射放疗。高龄、合并其他恶性肿瘤或基因突变异常者预后相对较差。但即使存在转移，通过多学科综合治疗仍可有效控制病情进展。
甲状腺微小乳头状癌患者术后应坚持每6-12个月复查甲状腺超声和甲状腺功能，遵医嘱调整左甲状腺素钠片剂量。日常注意均衡饮食，适量增加海带紫菜等含碘食物，避免颈部剧烈运动。保持规律作息和良好心态有助于恢复，若发现颈部结节或声音嘶哑需及时复诊。