灰黄霉素可以治疗由皮肤癣菌引起的灰指甲，但对其他真菌或非真菌性甲病无效。灰指甲主要由红色毛癣菌、须癣毛癣菌等皮肤癣菌感染导致，表现为甲板增厚、变色、分层等症状。
灰黄霉素属于抗真菌药物，通过干扰真菌细胞壁合成抑制皮肤癣菌生长。其对红色毛癣菌、须癣毛癣菌等常见致病菌有较好抑制作用，需连续用药3-6个月直至健康指甲完全长出。治疗期间可能出现头痛、胃肠不适等不良反应，肝功能异常者慎用。
非皮肤癣菌感染的灰指甲如念珠菌性甲沟炎、甲下银屑病等，灰黄霉素治疗效果有限。此类情况需通过真菌镜检或培养明确病原体后选择特比萘芬、伊曲康唑等药物。先天性厚甲症、甲营养不良等非感染性甲病则完全不适合使用该药。
灰指甲患者日常需保持足部干燥透气，避免与他人共用鞋袜、修甲工具。治疗期间每月复查肝功能，观察指甲生长情况。若用药3个月无改善或出现黄疸、皮疹等反应，应及时就医调整方案。合并糖尿病、免疫缺陷者需在医生指导下综合治疗，必要时联合激光或手术拔甲。