电动牙刷长期正确使用通常不会对牙齿造成伤害，但错误使用或刷头磨损未及时更换可能损伤牙釉质或牙龈。
电动牙刷通过高频振动或旋转清洁牙齿，其设计通常经过安全测试。刷毛材质和振动频率符合口腔护理标准时，能有效清除牙菌斑且对牙釉质无明显磨损。配合巴氏刷牙法使用时，可减少手动刷牙力度不均导致的牙龈损伤。多数临床研究显示，规范使用电动牙刷对牙齿的清洁效率优于手动牙刷，且不会增加牙齿敏感或楔状缺损的风险。
刷头使用超过3个月或刷毛变形后继续使用，可能因刷毛硬度下降导致清洁效率降低，需过度用力刷牙而划伤牙釉质。部分高频振动模式若长期用于牙本质暴露区域，可能加剧牙齿敏感。牙龈萎缩患者使用旋转式刷头时，不当角度可能刺激牙龈边缘。充电式电动牙刷电量不足时马达动力减弱，可能导致用户无意识加大按压力度。
建议每3个月更换刷头，选择软毛或超软毛刷头减少对牙釉质的摩擦；初次使用者可从最低档位开始适应，避免开启强力清洁模式时用力按压；刷牙时保持刷头与牙齿呈45度角轻轻移动，让刷毛震动完成清洁工作；定期检查刷毛状态，出现分叉或倒伏立即更换；牙龈敏感者可选用声波式电动牙刷，其线性振动模式对软组织更温和。若使用后出现持续牙齿酸软或牙龈出血，应暂停使用并咨询牙医。