新生儿蛋白质过敏可能自愈，也可能持续存在。蛋白质过敏通常由免疫系统对牛奶蛋白或大豆蛋白等食物蛋白的异常反应引起，表现为皮肤红疹、呕吐、腹泻等症状。部分患儿随着年龄增长免疫系统逐渐成熟，过敏反应会自行缓解；部分患儿可能长期存在过敏症状，需要持续干预。
蛋白质过敏的自愈概率与过敏原种类、免疫系统发育情况有关。母乳喂养的婴儿若对母亲饮食中的蛋白质过敏，调整母亲饮食后症状可能较快缓解。对牛奶蛋白过敏的婴儿，随着年龄增长和胃肠功能完善，部分患儿3-5岁后可逐渐耐受。过敏体质或有家族过敏史的患儿，自愈概率相对较低，可能持续至学龄期甚至成年。
少数严重蛋白质过敏患儿可能出现生长迟缓、贫血等并发症，或发展为其他过敏性疾病如哮喘、过敏性鼻炎。这类患儿通常需要长期规避过敏原，并接受营养干预。早产儿或存在免疫缺陷的患儿，蛋白质过敏自愈概率显著低于健康足月儿。
家长应定期监测患儿生长发育情况，记录饮食与症状关系，避免盲目尝试可能含过敏原的食物。可咨询营养师制定替代饮食方案，如深度水解配方奶粉或氨基酸配方奶粉。日常注意皮肤护理，避免使用刺激性洗浴用品。若出现呼吸困难、面部肿胀等严重过敏反应，需立即就医。建议每6-12个月复查过敏原，由医生评估是否可进行口服免疫耐受诱导治疗。