怀孕两周通常不建议进行药物流产。药物流产适用于停经49天内的宫内妊娠，但怀孕两周时孕囊可能尚未形成或过小，药物流产成功率较低且风险增加。
药物流产需通过超声确认宫内妊娠及孕囊大小，怀孕两周时超声可能无法清晰显示孕囊。此时使用米非司酮片和米索前列醇片可能因孕囊过小导致流产不全，需二次清宫。药物流产还可能引起剧烈腹痛、大出血等并发症，孕周越小风险越高。若确认怀孕但孕周计算错误，实际孕周超过49天则禁止药物流产。药物流产前必须排除宫外孕、严重贫血、青光眼等禁忌证。
建议及时到正规医疗机构进行血HCG和超声检查，由医生评估具体孕周及妊娠状态后选择合适终止妊娠方案。流产后需卧床休息1-2周，避免剧烈运动和重体力劳动，保持会阴清洁，2周内禁止盆浴和性生活，按医嘱服用抗生素预防感染，1个月后复查超声确认子宫恢复情况。流产后饮食应补充优质蛋白和铁元素，适量食用瘦肉、动物肝脏、菠菜等，避免生冷辛辣刺激食物。