基底细胞癌存在复发可能，但概率相对较低。复发风险与肿瘤位置、大小、治疗方式及患者自身免疫状态等因素相关。
基底细胞癌复发多与治疗不彻底有关。若手术切除时未完全清除病灶边缘，或放射治疗剂量不足，残留的癌细胞可能重新增殖。头面部等特殊部位的肿瘤因解剖结构复杂，更易出现切除不彻底的情况。免疫抑制患者如长期使用糖皮质激素者，机体对癌细胞的清除能力下降，复发风险显著增加。
少数情况下，基底细胞癌复发可能与肿瘤侵袭性亚型相关。硬斑病样型或浸润型基底细胞癌具有更强的局部侵袭性，易向深层组织扩散。这类肿瘤在初次治疗时可能已存在肉眼不可见的微浸润，导致后续复发。遗传性疾病如基底细胞痣综合征患者，因PTCH1基因突变导致多发性肿瘤，复发风险高于普通患者。
基底细胞癌患者治疗后需定期随访，建议每6-12个月进行皮肤科专科检查，重点观察原发部位及周边区域。日常应避免紫外线暴露，使用SPF30以上广谱防晒霜，穿戴防晒衣物。发现皮肤新生物或原有瘢痕出现破溃、增大时应及时就医。保持健康生活方式，戒烟限酒，适量补充维生素D有助于维持皮肤免疫功能。