服用治疗幽门螺杆菌的药物可能出现胃肠道不适、过敏反应等副作用，可通过调整用药时间、补充益生菌、及时就医等方式缓解。
治疗幽门螺杆菌的四联疗法通常包含抗生素、铋剂和质子泵抑制剂，部分患者可能出现恶心、腹泻、腹痛等消化道症状。这些反应多与抗生素破坏肠道菌群平衡或药物直接刺激胃肠黏膜有关。若症状轻微，可尝试在餐后服药以减少刺激，同时避免食用辛辣油腻食物。
少数患者可能出现皮疹、瘙痒等过敏反应，或肝功能指标异常。过敏体质者用药前应主动告知医生既往药物过敏史。用药期间出现皮肤红肿、尿色加深等症状需立即停药并就医。长期大剂量使用质子泵抑制剂可能增加骨质疏松风险，老年患者需定期监测骨密度。
用药期间建议保持清淡饮食，适量补充含双歧杆菌的酸奶或益生菌制剂，避免饮酒及刺激性食物。严格遵医嘱完成整个疗程，不可自行增减药量。若出现持续腹泻、便血、严重皮疹等症状，应及时复诊调整用药方案。完成治疗后需复查碳13/14呼气试验确认根除效果，日常注意分餐制预防再次感染。