整牙拔牙可能存在后遗症，常见有邻牙损伤、牙槽骨吸收、暂时性咬合紊乱等，但多数可通过规范操作和术后护理避免。
正畸治疗中拔牙操作可能造成邻牙牙根轻微吸收或松动，这类情况多因施力不当导致，通常3-6个月可自行恢复。牙槽骨高度降低是较普遍的生理性改变，尤其多见于拔除阻生智齿后，骨量流失程度与个体骨质代谢速度相关，保持口腔卫生能有效减缓吸收进程。部分患者术后会出现咀嚼无力或咬合错位感，这与牙齿移动初期的适应性调整有关，佩戴保持器并配合咬合训练可在1-3个月内改善。
少数情况下可能发生干槽症，表现为拔牙窝剧烈疼痛伴腐臭味，需立即进行清创和抗感染处理。下牙槽神经损伤概率较低，但若术前影像评估不足可能导致唇部麻木，多数神经症状在6-12个月逐渐消退。长期未处理的牙齿移位可能引发颞下颌关节紊乱，需通过咬合板或正颌手术干预。
术后应避免24小时内漱口或吮吸创口，48小时后改用软毛牙刷轻柔清洁术区，使用氯己定含漱液可降低感染风险。饮食选择温凉流质食物，逐步过渡到正常饮食但需避开坚硬食材。定期复查时通过曲面断层片监测骨愈合状况，出现持续疼痛或异常出血需及时复诊。保持器佩戴时长建议不少于矫治周期的2倍，夜间佩戴需持续至骨骼发育稳定。吸烟患者需提前戒烟以促进组织修复，糖尿病患者需加强血糖控制。