眼睛激光手术可能存在后遗症，但多数患者术后恢复良好。常见后遗症包括干眼症、眩光、夜间视力下降等，少数可能出现角膜混浊或视力回退。
干眼症是术后较常见的反应，由于手术暂时影响角膜神经调节，导致泪液分泌减少，表现为眼睛干涩、异物感，通常3-6个月可逐渐恢复。眩光与夜间视力下降多与瞳孔大小相关，暗环境下瞳孔扩大可能超过激光治疗区，造成光晕现象，多数人1年内适应。角膜混浊属于较严重并发症，与个体愈合反应过强有关，需通过激素滴眼液控制。视力回退多发生在高度近视患者中，与角膜修复过程中的过度增生相关，必要时需二次手术修正。术后感染风险较低，但需严格遵循抗生素滴眼液使用规范。
极少数患者可能因角膜过薄、术前筛查不充分等因素出现角膜扩张，需通过角膜交联术稳定。存在圆锥角膜遗传倾向者术后风险更高。部分人术后出现对比敏感度下降，影响灰阶分辨能力。长期使用电子屏幕可能加重视疲劳症状。糖尿病患者伤口愈合延迟可能影响手术效果。年龄相关性调节力下降者术后仍需佩戴老花镜。
术后需遵医嘱使用人工泪液缓解干眼症状，避免揉眼防止角膜瓣移位，术后1个月内禁止游泳和剧烈运动，定期复查角膜地形图监测愈合情况。日常注意用眼卫生，每用眼40分钟远眺放松，保证充足睡眠促进修复。饮食可增加富含维生素A的胡萝卜、菠菜等食物，避免吸烟饮酒影响愈合。若出现持续眼红、疼痛或视力骤降需立即就医。建议术前充分评估角膜厚度、瞳孔直径等参数，选择经验丰富的医疗机构实施手术。