肛乳头瘤手术后一般会有轻度疼痛，多数患者可以耐受。疼痛程度与手术方式、个体差异等因素有关。
肛乳头瘤手术后的疼痛通常表现为伤口局部灼热感或牵拉痛，术后1-3天较为明显。传统外剥内扎术因创面较大可能疼痛较重，而激光或电凝等微创手术疼痛较轻。术后医生会根据情况开具布洛芬缓释胶囊、对乙酰氨基酚片等镇痛药物，配合高锰酸钾坐浴可缓解不适。
少数对疼痛敏感的患者可能出现持续剧烈疼痛，可能与术后创面感染、排便刺激或肛门括约肌痉挛有关。这种情况需及时就医排除并发症，必要时使用盐酸曲马多片等强效镇痛药，或采用低频脉冲电刺激等物理镇痛方式。
术后应保持肛门清洁干燥，每日用温水或1：5000高锰酸钾溶液坐浴2-3次，每次10-15分钟；饮食选择小米粥、蒸南瓜等低渣食物，避免辛辣刺激；排便时避免过度用力，可短期使用乳果糖口服溶液软化粪便；穿着宽松棉质内裤减少摩擦，术后1个月内避免久坐和剧烈运动。若出现发热、伤口渗液或持续剧痛应及时复诊。