肛周脓肿通常需要手术治疗，少数早期轻微病例可通过抗生素等保守治疗控制。
肛周脓肿是肛腺感染引发的化脓性疾病，多数情况下因脓腔形成需手术切开引流。未及时处理可能导致感染扩散或形成肛瘘。对于局部红肿轻微、无波动感的早期脓肿，医生可能尝试静脉注射头孢曲松钠联合甲硝唑氯化钠注射液进行抗感染治疗，同时配合高锰酸钾坐浴缓解症状。但保守治疗存在复发风险，若用药后48小时症状无改善或出现发热、疼痛加剧，仍需立即手术干预。
部分免疫功能正常、脓肿直径小于3厘米且未累及深部间隙的患者，在严格随访下可能通过保守治疗痊愈。这类患者需每日使用碘伏消毒患处，并口服阿莫西林克拉维酸钾片控制感染。但临床数据显示，超过70%的肛周脓肿患者最终需接受手术治疗才能彻底治愈。
肛周脓肿患者无论是否手术，均需保持肛门清洁干燥，每日用温水清洗后更换透气棉质内裤。饮食应避免辛辣刺激食物，多摄入西蓝花、燕麦等富含膳食纤维的食材预防便秘。术后患者需按医嘱定期换药，观察伤口愈合情况，若出现异常渗液或出血应及时复诊。恢复期间避免久坐久站，可进行提肛运动促进局部血液循环。