灌肠可以清理肠道垃圾，但仅限于短期机械性清除直肠和部分结肠的粪便残留，无法真正净化肠道或改善代谢废物堆积。
灌肠通过肛门注入液体刺激肠壁收缩，能快速排出直肠和降结肠内积存的粪便，对缓解严重便秘或肠镜检查前的肠道准备有一定效果。使用的生理盐水或专用灌肠液可软化干硬粪便，帮助短期清理肠道末端约30-50厘米范围的排泄物。
但肠道垃圾这一概念缺乏医学依据，人体代谢废物主要通过肝脏分解和肾脏排泄完成。灌肠无法影响小肠及以上消化道内容物，更不能清除所谓的肠道毒素。频繁灌肠可能破坏肠道菌群平衡，导致电解质紊乱或肠黏膜损伤。存在肠梗阻、炎症性肠病或心血管疾病者擅自灌肠可能诱发穿孔或心律失常。
维护肠道健康应通过均衡饮食补充膳食纤维，如燕麦、西蓝花等促进自然排便；每日饮水1500-2000毫升；规律运动增强肠蠕动；必要时在医生指导下使用乳果糖口服溶液等缓泻剂。出现持续便秘、腹痛等症状需及时消化内科就诊，避免依赖灌肠等非必要干预措施。