手足口病与口腔溃疡是两种不同的疾病，主要区别在于病因、症状表现及传染性。手足口病由肠道病毒引起，具有传染性，表现为手、足、口腔疱疹伴发热；口腔溃疡多为局部黏膜损伤，无传染性，通常仅限口腔内疼痛性溃疡。
手足口病主要由柯萨奇病毒A16型或肠道病毒71型感染引起，多见于5岁以下儿童，具有较强传染性。典型症状包括口腔黏膜、手掌、足底出现红色疱疹或溃疡，可能伴随高热、食欲减退。部分重症病例可引发脑炎、肺水肿等并发症。口腔溃疡则多为复发性阿弗他溃疡，与免疫异常、创伤或维生素缺乏相关，表现为圆形或椭圆形口腔黏膜浅表溃烂，周围红肿，疼痛明显但不伴发热或皮肤病变。
手足口病需隔离治疗，以退热、补液及抗病毒药物如利巴韦林颗粒为主；口腔溃疡通常局部使用复方氯己定含漱液、西瓜霜喷剂或重组人表皮生长因子凝胶促进愈合。两者在病程上也有差异：手足口病病程约7-10天，口腔溃疡一般1-2周自愈。
预防手足口病需注意儿童个人卫生，避免接触患者，接种EV71疫苗；口腔溃疡患者应保持口腔清洁，避免辛辣刺激食物，适量补充维生素B族与锌。若口腔溃疡反复发作或手足口病患儿出现持续高热、精神萎靡，须及时就医。