手足口病通常不会留下后遗症，但极少数重症病例可能出现神经系统损害或心肺功能异常。
手足口病由肠道病毒引起，多数患儿表现为手、足、口腔等部位的疱疹或溃疡，伴随发热症状。病程一般为7-10天，通过对症治疗和休息可完全康复。病毒通常仅引起皮肤黏膜病变，不会侵袭重要器官。
极少数EV71型肠道病毒感染的重症病例可能出现脑炎、脑膜炎或急性弛缓性麻痹等神经系统并发症。这类患儿可能出现运动障碍、认知功能受损等后遗症。部分重症病例还可能因心肌炎或肺水肿导致心肺功能长期异常，需持续康复治疗。
预防手足口病后遗症的关键在于早期识别重症征兆，如持续高热、呕吐、肢体无力等。家长应保持患儿口腔清洁，提供流质饮食，避免抓挠皮疹。康复期可适当补充维生素B族和优质蛋白，促进神经修复。若发现运动发育迟缓或肌力异常，应及时至儿科或康复科就诊评估。